种蛋消毒以甲醛熏蒸消毒较好，操作简单，消毒效果最好，使用消毒液浸泡或喷雾消毒，由于水分造成种蛋表面的壳胶膜被破坏，从而造成在孵化过程中，种蛋易于被细菌侵入，造成孵化率降低，消毒液能够暂时杀灭种蛋表面的病原微生物，但不能保证整个孵化过程中不被污染。

    对在鸡舍被粪便污染的种蛋，一般不要使用消毒液浸泡清洗消毒，可以使用刀片和砂纸清理最好。

    经过证实，种蛋的消毒方法会对孵化率有一定影响，不同的消毒方法对孵化率的影响程度也不同。